北農網站先前遭外界質疑，顯示的菜價和農糧署網站誤差2％，問題在於北農呈現的是7時前的行情速報，農糧署則是當日拍賣全數完成的最終結果。為此，北農網站本周改版，新增查詢當日拍賣最終結果選項，數據與農糧署一致，化解菜價有別的爭議。
北農總經理吳音寧上周在其臉書粉絲團上貼文，向民眾分享北農及農糧署查詢每日蔬菜批發價的網址，邀各界關心菜價漲跌，但有農業粉絲團發文質疑，北農網站和農糧署的數據存在2％的誤差，菜價正確性相當重要，若有問題就應改善。
台北農產運銷公司主任秘書路全利表示，北農網站本周二起改版，單日交易行情查詢的部分有2個選項，包括「場內拍賣行情」及「全場交易行情」。「場內拍賣行情」就是台北第一果菜批發市場在早上7時前完成拍賣的數據，北農大約每日7時就會把此資料上傳到網站上，供承銷人、農民一早就能查看今日行情數據。
至於「全場交易行情」，則是當日交易全部完成後，最後的菜價數據，此資料也同步上傳給農糧署網站，雙方顯示的數字一定都是一致的，由於一整個早上拍賣都持續進行，因此北農1小時會更新一次數據，直到每日11時左右，「全場交易行情」就會全數更新完成，並呈現在網站上。
路全利表示，之前外界質疑北農網站的菜價和農糧署網站不同，主因在於北農舊版網站顯示的是早上7時前完成拍賣交易的資料，農糧署網站則是當日全部交易完成的結果，自然有所不同，現在北農網站改版後，多了一個「全場交易行情」供外界查詢，也保留7時之前的拍賣行情，畢竟仍有很多農民，早上5時、6時就上工採收，這筆資料對他們而言相當重要。
參考資料:http://www.chinatimes.com/realtimenews/20180419002396-260405